El Sevilla Atletico nació oficialmente en 1958. En la temporada 1962/1963 militó por primera vez en segunda división pero acabó descendiendo esa misma temporada.
Tras muchos años en segunda B y alguno que otro en tercera, el filial sevillista, que había jugado la liguilla de ascenso a segunda división en varias ocasiones, logra llegar a la categoría de plata al término de la temporada 2006/2007.
